کاپیتان سابق تیم ملی فوتبال ایران که رکورددار بیشترین بازی ملی محسوب می شود، پس از خداحافظی از بازیگری فوتبال با حضور در کلاس های مربیگری سعی زیادی انجام داده تا بتواند خود را به عنوان یک مربی موفق معرفی کند. نکونام که بسیار علاقه مند است در مربیگری نیز مانند دوران بازی کردن موفقیت هایش را تکرار کند، در اولین تجربه مربیگری دستیار کارلوس کی روش شد. دوران حضور او در تیم ملی اما خیلی کوتاه بود و کار نکونام مانند سایر دستیاران ایرانی کی‌روش به قطع همکاری کشید.

در چنین شرایطی بحث حضور نکونام به عنوان سرمربی در تراکتورسازی مطرح شد. حتی نکونام صحبت های زیادی را با مسئولان تراکتورسازی و به خصوص مصطفی آجورلو انجام داد. آجورلو که در روزهای ابتدایی دوران بازی نکونام در پاس مدیرعامل او بود، قصد داشت برای اولین تجربه سرمربیگری به کاپیتان سابق تیم ملی اعتماد کند اما شرایط ویژه ای پیش آمد که حضور نکونام منتفی شد. نداشتن تجربه سرمربیگری انتقادهای زیادی را متوجه نکونام کرد و بسیاری از هواداران فوتبال تبریز و البته برخی اعضای هیات مدیره باشگاه با حضور نکونام مخالفت کردند. از آنجایی که آجورلو نیز اعلام کرده بود برای انتخاب سرمربی به نظرات هواداران پرشور تراکتورسازی احترام می گذارد، در نهایت تصمیم گرفت یحیی گل محمدی را به عنوان سرمربی انتخاب کند.

با وجود مسائل موجود قطعا این پایان راه برای نکونام نیست. او که در آینده ای نزدیک مدرک مربیگری درجه A خود را نیز دریافت می کند، بی تردید در آینده ای نزدیک فعالیت سرمربیگری اش را آغاز می‌کند و می تواند روزهایش خوبی را در فوتبال ایران را در قامت سرمربی تکرار کند.