مراسم قرعه‌کشی مرحله دوم جام حذفی با حضور سهیل مهدی مدیر مسابقات، امیرحسین روشنک مسئول جام حذفی، مهرداد شفیعی مسئول لیگ دو، امیرحسین فراهانی مسئول لیگ سه و احسان خداوردی، به‌صورت وبینار و غیر حضوری برگزار شد.

مسابقات این مرحله با حضور 11 تیم صعود کرده از لیگ استانی و 17 تیم لیگ دسته دومی برگزار می‌شود که تیم‌ها حریفان خود را  به قید قرعه شناختند. نام تیم‌های میزبان اول آمده است:

شاهین بندرعامری- نیروی زمینی تهران

اتحاد کامیاران - سرخپوشان ساری 

شهید قندی یزد- پادما یدک اصفهان

عقاب تهران – شهرداری ماهشهر

استقلال راوه دلیجان – شهرداری برداسکن

اسپاد تهران – میلاد مهر تهران

پاس همدان – میعاد پارس آباد مغان

سردار بوکان - هلال احمر گراش

فولاد نوین اهواز – مس شهربابک

شهرداری بم- ستارگان آژند آذربایجان شرقی

سوهان محمد قم- داماش پارسه تهران

مس نوین کرمان – شمس آذر قزوین

ویستا توربین – برنده فولاد هرمزگان و شهرداری بندر انزلی

شهدای بابلسر -  برنده شهرداری اندیمشک و پیام خراسان جنوبی

مسابقات مرحله دوم در روزهای 18 و 19 بهمن 1399 برگزار می‌شود. مرحله سوم مسابقات با حضور تیم‌های لیگ یک و تیم‌های صعود کرده از این مرحله در روزهای 6 و 7 اسفند برگزار خواهد شد.

مرحله چهارم در روزهای 20 و 21 اسفند با حضور تیم‌های لیگ برتری برگزار می‌شود.