به گزارش پارس ، به نقل ازکیهان، این مرکز در دولت سازندگی زیرنظر ریاست جمهوری فعالیت می کرد اما مقارن با پایان ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی، وی ترجیح داد مرکز تحقیقات استراتژیک را همراه خود کرده و به مجمع تشخیص مصلحت نظام الحاق کند. موسوی خوئینی ها اولین رئیس این مرکز بود و سپس - تا انتخابات ریاست جمهوری اخیر- حسن روحانی این مرکز را اداره می کرد.
به دنبال انتخاب دکتر روحانی به ریاست جمهوری، مذاکراتی از سوی هاشمی با آیت الله امینی امام جمعه قم و ناطق نوری عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام صورت گرفت که بنابر اعلام علیخانی (از مشاوران هاشمی) به نتیجه نرسید.
آیت الله امینی در این خصوص اعلام کرد که هاشمی از او خواسته تا با قبول ریاست مرکز تحقیقات استراتژیک جانشین حسن روحانی شود.
وی گفت: ایشان صحبت هایی در این خصوص کرده اند، ولی من نپذیرفتم. برای اینکه من دیگر توانش را ندارم. آنجا یک مرکز مهمی است و کار می خواهد من هم نمی توانم ناظر ظاهری باشم و اگر پذیرفتم باید انجام وظیفه کنم، کما اینکه کارهایم تاکنون این گونه بوده است.
اکنون گزارش « ندای انقلاب» حاکی از آن است که محمدرضا عارف شنبه شب دیداری با هاشمی رفسنجانی داشته و جانشینی حسن روحانی در مرکز تحقیقات استراتژیک را پذیرفته است.
پیش از این اصرار اصلاح طلبان مبنی بر انتصاب عارف به عنوان معاون اول رئیس جمهور با امتناع دکتر روحانی مواجه شد.
حجاریان در خاطرات خود تصریح می کند که وی و طیف متبوع وی هاشمی را قبول نداشتند اما با این وجود سعی کردند در مرکز تحقیقات استراتژیک پروژه توسعه سیاسی خود را پیش ببرند.