باشگاه استقلال تهران كه مدتی نكونام بازیكن این تیم بود، به خبر خداحافظی این بازیكن واكنش نشان داد. این باشگاه در صفحه رسمی اینستاگرام خود نوشت: «جواد نكونام شب گذشته از بازي هاي ملي خداحافظي كرد . با ركورد صد و پنجاه و يك بازي. باشگاه استقلال وظيفه خود مي داند كه ضمن تقدير از زحمات و كوشش نكونام در همه اين سال‌ها به او خدا قوت بگويد .به اميد موفقيت او در مراحل مختلف زندگي.»