هاشم صباغیان وزیر کشور دولت بازرگان: آن موقع برخي از همين دوستان ما به مرحوم مطهري حمله مي ‏كردند و مي‏ گفتند آقاي خوئيني‏ها دارد جوان‏ ها را جذب مي‏ كند، چرا مي‏ گوييد تفسيرهاي او درست نيست؟ ايشان در مقابل مي‏گفت بايد جوان‏ ها را با پايه‏ ريزي فكر صحيح جذب كنيم، اگر اين پايه ‏ها صحيح نباشند، در آينده گرفتار اين‏ها خواهيم شد.

در همان دوره متوجه شدم كه گروه فرقان(قاتلان شهید مطهری )از محصولات جلسه ی تفسير آقاي موسوي خوئيني‏ ها هستند.(یادآور 1389)

علی مطهری :
گروه فرقان  و اکبر گودرزی (ضارب شهید مطهری )بيشتر متأثر از افردي چون موسوي خوئيني‏ هابودند
(یادآور 1389)

حجه الاسلام شجونی: 
موسوي خوئيني‏ ها در يكي از منبرهايش، در حالي كه گودرزي و يكي ديگر ازاعضاي اصلي گروه فرقان به شدّت، مجذوب و محو سخنان او شده بودند،
آيه ی «و يصدون عن سبيل الله» را بر استاد مطهري تطبيق مي‏ كرد و مدعي مي ‏شد كه وي با رژيم همكاري مي كند.(یاد آور 1389)

آیت هالله هاشمی رفسنجانی 30 مرداد 1368:
آقاي موسوي خوييني ها آمد... از رهبري رنجيده، به خاطر اينكه ايشان را رئيس قوه قضائيه نكرده است. گفتم آيت‌ا... خامنه‌اي مايلند در دفتر خودشان كاري به ايشان واگذار نمايند؛ نپذيرفت. و گفت بنا دارد با انتخابات ميان دوره اي به مجلس برود. پيشنهاد همكاري با نهاد رياست جمهوري را هم دادم. گفت اگر بنا باشد كاري را بپذيرد، اين را مي‌پذيرد.