پیشینه‌ مسجدالاقصی را باید از گذشته‌ دور، یعنی زمان ابراهیم نبی(ع) مورد بررسی قرار داد.
حضرت ابراهیم در بین‌النهرین متولد شد و به فرمان خدا به کنعان (فلسطین امروزی) مهاجرت کرد که آن سرزمین محل استقرار فرزندان ابراهیم گردید.
در زمان یعقوب خشکسالی شدیدی در کنعان رخ داد ولی اهالی آن سرزمین آگاه شدند که در مصر ذخایر غنی گندم وجود دارد، در آن زمان یوسف(ع) پسر یعقوب عزیز مصر بود که ماجرای آن به تفصیل در قرآن ذکر شده است.
پسران یعقوب به دستور پدر برای تهیه گندم به مصر سفر کرده بودند که با یوسف رو به رو شدند ولی او نشناختند، یوسف(ع) برادرانش را به جای آورد و از آنها خواست تا بار دیگر که برای خرید گندم به مصر مراجعه کردند به همراه پدرشان به آنجا بیایند، بنابراین بنی‌اسرائیل پس از سال‌ها دوری به مصر بازگشتند.
پس از گذشت  چند نسل «قبطیان» مصری بر بنی‌اسرائیل سخت گرفتند و بنی اسرائیل را مورد آزار و اذیت قراردارند، از این رو خداوند موسی(ع) را برای رهایی آنان مبعوث کرد که در نتیجه آن موسی یهودیان را از مصر نجات داد و به کنعان برد.
حضرت داوود در زمان پیامبری  خود معبدی در کنعان بنا نمود که در زمان پسرش سلیمان احداث آن تکمیل شد و به هیکل سلیمان (معبد سلیمان) مشهور گردید.
 
مسجدالاقصی
 
این معبد دو بار تخریب شد، اولین بار 587 پیش از میلاد مسیح بود که یک ایرانی به نام «بخت نصر» آن را ویران کرد که در پی آن یهودیان به بابل کوچ داده شدند. بابل در آن روزگار جزئی از امپراتوری ایران بود و امروزه در خاک عراق قرار دارد.
آنها حدود چهل سال آنجا بودند که در سال 538 قبل از میلاد فرمان آزادی یهودیان توسط «کوروش» پادشاه هخامنشی صادر شد در نتیجه عده‌ای از آنان به کنعان بازگشتند و هیکل سلیمان را بازسازی کردند.
در سال 70 پس از میلاد معبد بار دیگر به دست رومیان ویران شد و مخروبه بودن آن ادامه پیدا کرد، چون یهودیان دیگر قادر به بازسازی آن نشدند.
 
مسجدالاقصی
 
تا قرن هفتم میلادی فلسطین تحت حکمرانی مسیحیان بود تا اینکه در آن زمان اسلام بدون جنگ و خون‌ریزی وارد فلسطین شد (شش قرن معبد متروکه و مخروبه باقی مانده بود).
مسلمانان در زمان خلیفه دوم و در مکان مخروبه‌ هیکل سلیمان مسجدی را بنا کردند که طبق آیه اول سوره اسراء محل معراج پیامبر بوده است: «پاک است آن خدایی که بنده‌ی خود(محمد) را شبی از مسجدالحرام به مسجد الاقصی که پیرامون آن برکت داده‌ایم برد تا برخی نشانه‌های خویش را به او بنماییم، او شنوا و بیناست.»
 
مسجدالاقصی
 
به دلیل قرار گرفتن تکه سنگی تاریخی در آن مکان که محل معراج پیامبر بود مسلمانان نام «قبه الصخره» را به روی مسجد گذاشتند که با گنبدی طلایی در جوار گنبد سبز مسجدی دیگر در مسجد الاقصی قرار گرفته است.
مسجد توسط « عبدالملک مروان» به مساحت امروزی آن گسترش یافت و گنبد طلایی «قبه الصخره» به مهم‌ترین بنای مسجد الاقصی تبدیل شد.
در پاسخ به اینکه برخی می‌گویند یهودیان برای اولین بار وارد سرزمین بیت المقدس شده‌اند پس حق تملک آن را دارند، باید این نکته را متذکر شد که موسی(ع) و پیامبران بعدی به یهودیان گوشزد کرده بودند روزی پیامبر خاتم دین اسلام را از جانب خدا می‌آورد و باید آن را بپذیرید.
 
مسجدالاقصی
 
با وجود مسلمان شدن تعداد کمی از یهودیان بسیاری از آنها از پذیرش اسلام امتناع کردند، بنابراین تا زمانی که دین موسی(ع) از طرف خدا اعتبار داشته این مکان برای آنها بوده ولی پس از روی کار آمدن اسلام و خروج یهودیان از منطقه بیت‌المقدس متعلق به مسلمانان بود.
 در پی غصب فلسطین در سال 1948 کشور جعلی اسرائیل تشکیل شد و در پی آن یهودیان افراطی نیت تخریب مسجد را در سر پروراندند و قصد داشتند تا معبدی را از نو به جای آن بسازند.
گفتنی است توسعه مسجد الاقصی با ساخت 11 دروازه و 25 حلقه چاه برای دسترسی نمازگزاران به آب و یک برکه کوچک برای وضو ادامه پیدا کرد، اما مسجد دو بار در سال‌های 747 و 1033 میلادی بر اثر زلزله تخریب شد که به طور مجدد توسط مسلمان مورد بازسازی و مرمت قرار گرفت.
 
مسجدالاقصی
 
پیامبر(ص) در حدیثی فرموده اند: یک نماز در مسجد من( مسجد النبی) بهتر از هزار نماز در دیگر مساجد است به جز مسجد الحرام و مسجد الاقصی.
شایان ذکر است که بیت‌المقدس قبله اول مسلمانان بوده و پیش از فرمان خدا مبنی بر نمازگزاردن به سوی کعبه، پیامبر(ص) به سمت مسجد الاقصی نماز می‌گزارند.