در جلسه علنی روز یکشنبه مجلس شورای اسلامی بررسی گزارش کمیسیون آموزش و تحقیقات در مورد رفع ایرادات شورای نگهبان به لایحه تأسیس و اداره مدارس و مراکز آموزشی و پرورشی غیردولتی در دستور کار صحن علنی مجلس قرار گرفت.

نمایندگان با رفع ایرادات شورای نگهبان به این لایحه مقرر کردند شورای نظارت مرکزی می‌تواند اختیارات زیر را به شورای نظارت استان، شهرستان و منطقه تفویض نماید:

۱ـ تائید صلاحیت متقاضیان تأسیس مدرسه یا مرکز آموزشی غیردولتی پس از استعلام از مراجع قانونی ذیربط

۲ـ صدور مجوز تأسیس مدرسه یا مرکز غیردولتی

۳ـ نظارت بر عملکرد آموزشی و پرورشی مدارس و مراکز غیردولتی

۴ـ نظارت بر نحوه اجرای الگوی تعیین شهریه

همچنین با الحاق یک تبصره، شورای نظارت استان را موظف کردند هر شش ماه یکبار گزارش عملکرد استان را به شورای سیاستگذاری، برنامه‌ریزی و نظارت مرکزی ارائه نماید.

همچنین ایمان به دین مبین اسلام به شرایط متقاضیان تأسیس مدرسه یا مرکز آموزشی و پرورشی غیردولتی اضافه شد؛ پیش از این التزام به دین مبین اسلام در لایحه وجود داشت.

همچنین با اصلاح ماده دیگری مقرر شد مؤسسان اقلیت‌های دینی شناخته شده و قانون اساسی در صورتی که متجاهر به نقض احکام اسلامی در انظار عمومی نباشند و توسط مراجع رسمی خود که تابع و مقیم ایران هستند، یا نمایندگان مورد تائید ایشان به وزارت آموزش و پرورش معرفی می‌شوند، می‌توانند مدرسه غیردولتی تأسیس کنند.

با الحاق تبصره‌ای به این ماده، مصوب شد مدارس اقلیت‌های دینی فقط مجاز به ثبت‌نام از دانش‌آموزان اقلیت‌های دینی باشند.

همچنین با اصلاح ماده دیگری به وزارت آموزش و پرورش اجازه داده شد سالانه معادل چهار درصد از شهریه دریافتی توسط مراکز آموزشی و پرورشی غیردولتی را دریافت و به حساب درآمدهای اختصاصی ملی نزد خزانه‌داری کل کشور واریز نماید. وجوه واریزی از این محل در اختیار سازمان مدارس و مراکز غیردولتی و توسعه مشارکت‌های مردمی قرار می‌گیرد تا برای نظارت بر مرکز یاد شده و کیفیت‌بخشی به امور آموزشی و پرورشی غیردولتی مناطق محروم و کم‌برخوردار هزینه شود.

پیش از این در این ماده وزارت آموزش و پرورش مکلف به پرداخت مالیات این درآمد بود که این بخش حذف شده است.