درباره علل سقوط پرواز MS804 شرکت هواپیمایی مصر که اوایل صبح پنجشنبه بر فراز دریای مدیترانه و در نزدیکی بندر اسکندریه اتفاق افتاد، گمانه‌زنی‌های زیادی مطرح شده است. در حال حاضر، تمام سناریوهای احتمالی از فرضیه تروریستی بودن این حادثه تا بروز نقص فنی در هواپیما را می‌توان مد نظر قرار داد؛ اما تا زمانیکه جعبه سیاه هواپیما پیدا نشود، هیچ یک از آنها را نمی‌توان با قاطعیت تایید کرد.

ارتش مصر اعلام کرده است که هیچ پیام غیرعادی یا هشداردهنده‌ای را از هواپیما دریافت نکرده است؛ اما در مقابل، شرکت هواپیمایی مصر مدعی است که پس از خروج هواپیما از صفحه رادار هرگز قادر به ارتباط‌گیری با آن نشده است.    

طبق گزارش شرکت هواپیمایی مصر (ایجپت ایر)، هواپیمای ساقط شده حدود ساعت 2:30 بامداد به وقت محلی از صفحات رادار محو شده است و آخرین تماس برقرار شده با آن زمانی بوده است که هواپیما در فاصله 280 کیلومتری خط ساحلی مصر قرار داشته است.

مسئولان کنترل ترافیک هوایی مصر نیز عنوان کردند که پس از اعلام ورود و خروج هواپیما از حریم هوایی یونان از سوی خلبان، تلاش‌های مکرر آنها برای تماس با کابین هواپیما نتیجه‌ای در بر نداشته است.

اعلام کاهش ارتفاع ناگهانی هواپیما از حدود 37 هزار به 15 هزار پا از سوی مقامات یونان، از احتمال وقوع حادثه‌ای در داخل هواپیما خبر می‌دهد که خارج از کنترل خلبان و سایر خدمه هواپیما بوده است.

مقامات فرانسوی نیز روز شنبه مدعی ارسال خودکار پیام‌های هشداردهنده دود از سوی هواپیما دقایقی پیش از سقوط آن شدند. اما خلبان یک هواپیمای ایرباس 320 دیگر روز یکشنبه در گفتگو با رسانه‌های مصری اظهار داشت که آتش سوزی به سختی می‌تواند باعث سقوط هواپیما شود؛ مگر آنکه به حدی وسیع و غیرقابل کنترل باشد که ایمنی خدمه و هواپیما را با خطر مواجه کند.

به گفته وی، در این صورت، اگر آتش سوزی ظرف مدت 10 دقیقه مهار نشود، به طور قطع باعث سقوط هواپیما می‌شود؛ چراکه آتش سوزی به هر  علتی (از جمله بروز اتصال کوتاه در مدارهای الکترونیکی هواپیما) که ایجاد شده باشد با انتشار دود آن در سیستم تهویه هواپیما باعث افت فشار هوا در داخل هواپیما و کابین خلبان شده و در صورت گسترش آن به داخل کابین، کلیه مدارها و دستگاههای الکترونیکی مانند سامانه ارتباطات رادیویی هواپیما را نیز از میان می‌برد. 

این خلبان که نخواست نامش فاش شود، در ادامه خاطر نشان کرد: زمانیکه به هر دلیلی کنترل هواپیما از دست خلبان خارج می‌شود، تمامی اتفاقات بعدی بستگی به تصمیمات خوب یا بد او دارد.

از سوی دیگر، کاپیتان «ابوبکر محسن» - خلبان معروف مصری که هدایت هواپیماهای حامل انور سادات و حسنی مبارک – رؤسای جمهور سابق مصر - را نیز در کارنامه خود دارد، در گفتگو با رسانه‌های مصری با اشاره به پیشرفته بودن هواپیماهای امروزی و وجود انواع حسگرها، چراغها و علائم هشداردهنده در آنها که وجود کوچکترین ایرادات ممکن را به خدمه هواپیما هشدار می‌دهند، تنها نکته مبهم و مشکوک درباره سقوط هواپیمای مصری را کاهش ناگهانی ارتفاع آن عنوان کرد.

به گفته وی، کاهش ارتفاع در هواپیما به صورت دستی و آرام صورت می‌گیرد؛ مگرآنکه افت فشار هوای داخل کابین، خلبان را برای تنظیم هوای بیرون و داخل هواپیما ناگزیر به انجام این کار کند یا اتفاق غیرمنتظره دیگری در هواپیما حادث شود.

این خلبان مصری بروز نقص فنی در هواپیما را نیز با توجه به امنیت بالای هواپیمای ایرباس A320 و بازبینی‌های دقیق پیش از پرواز منتفی دانست.