هیئت وزیران در جلسه ۲۰ فروردین ۱۳۹۹ به پیشنهاد وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و به استناد اصل یکصد و سی و هشتم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران تصویب کرد ماده (۱۱) اساسنامه اصلاحی کمیسیون ملی یونسکو در ایران موضوع تصویب‌نامه شماره ۷۴۱۵۶/ت ۵۳۳ هـ مورخ ۱۲ مهر ۱۳۶۶ با اصلاح بعدی آن اصلاح می‌شود.

برهمین اساس، کمیسیون ملی یونسکو در ایران دارای یک دبیرخانه دایمی است که زیر نظر دبیر کل انجام وظیفه می‌کند و یکی از سازمان‌های وابسته به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری محسوب می‌شود.