دومین جنگی که امام علی (ع) درگیر آن شد، صفین و نبرد با شامیان بود.به نقل تاریخ یاران امیرالمومنین علی (ع)در این جنگ در آستانه پیروزی بودند که با مکر عمروعاص، حیله گر قهار سپاه مواجه شدند.

عمروعاص،مرد خناس سپاه معاویه با حیله،قرآن بر سر نی زد و یاران امام علی (ع)را فریب داد .بعد از گذشت مدتی ماجرای حکمیت پیش آمد.در این شرایط امام علی (ع)که با حکمیت مخالف بود، اما در آن زمان حساس امام مجبور به قبول حکمیت شد و در پاسخ این پذیرش در بخشی از  خطبه 125 کتاب شریف نهج البلاغه فرمود:ما افراد را داور قرار ندادیم، تنها قرآن را به حکمیت و داوری انتخاب کردیم.این قرآن خطی است نوشته شده که میان دو جلد پنهان است.زبان ندارد تا  سخن گوید و نیازمند به کسی است که آن را ترجمه کند و همانا انسان ها می توانند از آن سخن گویند و هنگامی که شامیان ما را دعوت کردند تا قرآن را میان خویش داور گردانیم، ما گروهی نبودیم که به کتاب خدای سبحان پشت کنیم.

سپس امام علی (ع)در ادامه می فرماید: در حالی که خدای سبحان فرمود:اگر در چیزی خصومت کردید، آن را به خدا و رسول بازگردانید.بازگرداندن آن به خدا این است که کتاب او را به داوری بپذیریم. بازگداندن به پیامبر این است که سنت او را انتخاب کنیم.پس اگر از روی راستی به کتاب خدا داوری شود،ما از  دیگر مردمان به آن سزاوارتریم و اگر در برابر سنت پیامبر تسلیم باشند ما بدان اولی تر و برتریم.

امام در ادامه این خطبه می فرماید:اما سخن شما که چرا میان خود و آنان برای حکمیت مدت تعیین کردی؟ من این کار را انجام دادم تا نادان خطای خود را بشناسد و دانا بر عقیده خود استوار بماند.اینکه شاید در این مدت آشتی و صلح خدا کار امت را اصلاح کند و راه تحقیق و شناخت باز باشد تا در جستجوی حق شتاب ورزند و تسلیم اولین فکر گمراه کننده نگردند.

در این جنگ عده ای به مواضع سیاسی و نظامی امام علی(ع)خرده گرفتند؛ در حالی همین افراد بعد ها و در سال 38 هجری قمری در قالب خوارج، جنگ نهروان را بر ایشان تحمیل کردند.