با گذشت بیش از یک ماه از عزل حمید میرزاده از ریاست دانشگاه  آزاد اسلامی، انتشار نامه‌ای از سوی سیدحسن خمینی به رئیس‌جمهور درباره روند عزل رئیس سابق دانشگاه آزاد، مسائل این دانشگاه را وارد فاز جدیدی کرد.

پس از اظهارات سیدحسن خمینی، علی‌اکبر ولایتی رئیس هیئت موسس و هیئت‌امنای این دانشگاه در گفت‌وگو با یکی از روزنامه‌های کشور برای اولین بار نکات مهمی را درباره دلیل اصلی تشکیل جلسه فوق‌العاده هیئت‌امنای دانشگاه آزاد در ماه گذشته و عزل میرزاده مطرح کرد.

ولایتی در این گفت‌وگو صراحتاً به "فسادهای مالی دانشگاه آزاد به عنوان علت اصلی عزل میرزاده از ریاست دانشگاه آزاد اشاره کرده است."

وی در گفت‌وگوی مذکور به نمونه‌هایی از مفاسد این دانشگاه در دوران مدیریت میرزاده اشاره می‌کند و به عنوان نمونه از فشارهای لابی وقت دانشگاه بر رئیس واحد اسلامشهر جهت انعقاد قراردادی برای خرید زمین می‌گوید.

ولایتی در این بخش از گفت‌وگوی خود با روزنامه کیهان تاکید می‌کند: "رئیس دانشگاه اسلامشهر شرحی نوشت و همچنین حضوراً برای اینجانب بیان کرد که هیئت تصمیم‌گیر در دانشگاه آزاد به وی ابلاغ کرده‌اند که زمینی را به‌ مبلغ بیش از 50 میلیارد تومان برای پارکینگ دانشگاه از یک خانواده خاص و مقیم خارج کشور خریداری نماید. او با آنها وارد معامله می‌شود و پس از چانه‌زنی بسیار این مبلغ را به 36 میلیارد تومان کاهش می‌دهد، در این میان از سوی وکیل آن خانواده به او پیشنهاد می‌شود که 10 درصد معامله را به‌ عنوان رشوه بگیرد و به همان مبلغ بیش از 50 میلیارد رضایت بدهد که وی زیر بار نمی‌رود و معامله را لغو می‌کند. بگذریم از اینکه دانشگاه آزاد اسلامشهر آیا به چنین زمینی در این مقیاس و با این قیمت آن هم برای پارکینگ نیاز دارد یا نه؟!"

پس از اظهارات ولایتی، میرزاده رئیس معزول دانشگاه آزاد سخنان ولایتی را فاقد سند و مدرک خواند. وی درباره ظلم و اجحافی که در حق دانشجویان و ساکنین مستضعف اسلامشهر در خصوص خرید زمینی به مبلغ حدود 53 میلیارد تومان صورت گرفته، مدعی است: "سابقه اولیه خرید زمین مذکور به پیشنهاد و نامه شماره 104545مورخ 27 آبان 91 رئیس واحد اسلامشهر یعنی قبل از تصدی اینجانب در دانشگاه باز می‌گردد که مسئله مذکور پس از چندین نوبت طرح در کمیسیون معاملات و در نهایت به دلایل مختلف منجر به صدور مجوز برای خرید ملک فوق‌الذکر نشده است."

با این‌حال سند ذیل بیانگر آن است که اقدام به خرید این زمین در سال 93 و در دوره تصدی میرزاده در دانشگاه آزاد اسلامی با ابلاغ رسمی کمیسیون معاملات به رئیس واحد اسلامشهر صورت گرفته و اقدام به این کار کرده است. زمینی که پس از یک چانه‌زنی اولیه به 36  میلیارد تومان قیمت آن کاهش یافته، یعنی چیزی حدود 18 میلیارد تومان تفاوت که البته در نهایت نیز این معامله به سرانجام نمی‌رسد.